در عملیات خیبر، نحوه هماهنگی سپاه و نیروی زمینی (ارتش) شکل دیگری غیر از آنچه قبل از این معمول بود، به خود گرفت. طوری که هدایت و فرماندهی عملیات بر عهده قرارگاه خاتمالانبیا (ص) بود و دو قرارگاه کربلا (ارتش) و نجف (سپاه پاسداران) نیز تحت امر این قرارگاه اقدام به تک میکردند.
یگانهایی که از سپاه پاسداران و ارتش جمهوری اسلامی در عملیات خیبر مأموریت داشتند، به تفکیک چنین بود:
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
