از جمله تلاشهای مهم داخلی در این دوره اجرای مانور آزادی قدس در 90 منطقه کشور بود که در پی اعزام لشکرهای قدس به جبهه صورت گرفت. این طرح به تدریج در تمام استانها و شهرستانهای کشور فراگیر شد و سیل نیروهای بسیجی عازم جبهههای جنگ شدند، به گونهای که سازمان رزم سپاه، لبریز از نیرو شد و برخی لشکرها علاوه بر گردانهای سازمانی خود، 25 گردان دیگر را نیز در خود جای دادند.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
